1. 增值稅稅款抵扣不夠徹底，仍有一些與生產(chǎn)經(jīng)營(yíng)相關(guān)的進(jìn)項(xiàng)稅額沒有納入抵扣范圍

首先，最突出的問題是銀行貸款利息支出的進(jìn)項(xiàng)稅額沒有納入抵扣范圍。依據(jù)2024年的數(shù)據(jù)測(cè)算，增值稅一般納稅人支出銀行貸款利息收入可抵扣的增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額規(guī)模大約為4477億元，約為當(dāng)年國(guó)內(nèi)增值稅收入56791億元的7.88%。對(duì)銀行貸款利息支出的進(jìn)項(xiàng)稅額不予抵扣，不僅增加了實(shí)體經(jīng)濟(jì)的增值稅負(fù)擔(dān)尤其是導(dǎo)致貸款規(guī)模較大行業(yè)稅負(fù)偏高，增加了納稅人的財(cái)務(wù)成本，而且使金融業(yè)與制造業(yè)和其他服務(wù)業(yè)之間的增值稅抵扣鏈條脫節(jié)。

其次，是對(duì)部分特定貨物和服務(wù)的進(jìn)項(xiàng)扣權(quán)進(jìn)行限制。具體體現(xiàn)為招待費(fèi)、交通費(fèi)和其他三個(gè)方面。之所以沒有將這類項(xiàng)目全部納入增值稅抵扣范圍，主要是考慮到這些貨物和服務(wù)接近最終消費(fèi)的性質(zhì)，在實(shí)踐中是屬于個(gè)人消費(fèi)還是經(jīng)營(yíng)活動(dòng)的支出，劃分難度比較大，故在抵扣制度設(shè)計(jì)上采取從嚴(yán)掌握的原則。對(duì)國(guó)內(nèi)旅客運(yùn)輸服務(wù)的抵扣也僅僅是根據(jù)載明了旅客身份信息的機(jī)票、鐵路車票、公路水路等客票的支出。對(duì)于無旅客身份信息的客運(yùn)支出不予抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。對(duì)業(yè)務(wù)招待費(fèi)等則一律不予抵扣進(jìn)項(xiàng)稅額。由于抵扣得不徹底、不完整，一定程度增加了納稅人的稅收負(fù)擔(dān)，也導(dǎo)致抵扣鏈條的脫節(jié)，影響了增值稅的管理效率。

2. 對(duì)部分行業(yè)試行農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額核定扣除辦法，動(dòng)搖了增值稅的稅款抵扣機(jī)制

目前，各地試點(diǎn)涉及的行業(yè)包括農(nóng)林牧漁及輔助性活動(dòng)、農(nóng)副食品加工、食品制造等23個(gè)國(guó)標(biāo)行業(yè)（大類）。之所以對(duì)這些行業(yè)試行農(nóng)產(chǎn)品增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額核定扣除試點(diǎn)，目的在于有效防范增值稅虛開虛抵的管理風(fēng)險(xiǎn)，同時(shí)解決農(nóng)產(chǎn)品加工中“高征低扣”問題，使扣除率與產(chǎn)成品的適用稅率相一致，一定程度減輕農(nóng)產(chǎn)品加工企業(yè)的稅收負(fù)擔(dān)。然而，這一做法使得增值稅抵扣鏈條在這一領(lǐng)域斷裂，致使此類農(nóng)產(chǎn)品加工行業(yè)與上游環(huán)節(jié)的農(nóng)產(chǎn)品生產(chǎn)（包括農(nóng)產(chǎn)品簡(jiǎn)單加工）、經(jīng)銷行業(yè)之間抵扣鏈條脫節(jié)，相當(dāng)程度上損害了增值稅的抵扣機(jī)制。