兩稅合并之后，企業(yè)所得稅預繳方法也有一些變化，現對預繳企業(yè)所得稅時的常見問題進行總結分析。

1． 哪些機構需就地預繳企業(yè)所得稅

境內企業(yè)跨地區(qū)（指跨省、自治區(qū)、直轄市和計劃單列市）設立分支機構的，根據《關于印發(fā)＜跨省市總分機構企業(yè)所得稅分配及預算管理暫行辦法＞的通知》（財預[2008]10號）第一條、《關于印發(fā)＜跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法＞的通知》（國稅發(fā)[2008]28號）第九條規(guī)定，只有具有主體生產經營職能的二級分支機構需要就地預繳企業(yè)所得稅，其他不具有主體生產經營職能、沒有生產經營收入的的二級分支機構，以及三級分支機構，無需就地預繳企業(yè)所得稅。

至于如何界定“生產經營”、如何判定二級分支機構，可參考《關于外商投資的公司審批登記管理法律適用若干問題的執(zhí)行意見》和《關于印發(fā) < 跨地區(qū)經營匯總納稅企業(yè)所得稅征收管理暫行辦法 > 的通知》（國稅發(fā) [2008]28 號）第一條的規(guī)定。

2． 預繳時能否彌補以前年度虧損

《關于印發(fā)＜中華人民共和國企業(yè)所得稅月（季）度預繳納稅申報表＞等報表的通知》（國稅發(fā)[2008]44號）啟用的新企業(yè)所得稅預繳納稅申報表取消了“以前年度虧損”這一項目，但后來《關于填報企業(yè)所得稅月（季）度預繳納稅申報表有關問題的通知 》（國稅函 [2008]635 號）第一條明確企業(yè)按實際會計利潤預繳企業(yè)所得稅時可以扣除以前年度虧損，所說虧損是指以前年度5年內的虧損。

根據《企業(yè)所得稅法》第十八條規(guī)定，企業(yè)納稅年度發(fā)生的虧損，準予向以后年度結轉，用以后年度的所得彌補，但結轉年限最長不得超過五年。

因此，企業(yè)在填列預繳申報表時，第2行的“ 營業(yè)收入 ”第3行的“ 營業(yè)成本 ”可直接填報會計制度核算的營業(yè)收入、營業(yè)成本，但填報第4行“ 實際利潤額 ” 同時，需注意扣減以前年度待彌補虧損，以及不征稅收入、免稅收入。

3． 預繳稅款少于應繳稅款不屬于偷稅

企業(yè)是按實際會計利潤預繳企業(yè)所得稅，而會計核算和稅務規(guī)定存在著差異，當期的實際利潤有可能小于當期的應納稅所得額，致使按月（季），或者上一年度應納稅所得額的一定比例、其他預繳方法預繳的企業(yè)所得稅小于當期應繳企業(yè)所得稅稅款，這屬于正常情況，并非企業(yè)故意進行虛假申報以少繳稅款，根據《關于在企業(yè)所得稅預繳中對偷稅行為如何認定問題的復函》(國稅函發(fā)[1996]008號)規(guī)定，不屬于偷稅行為。

需注意的是，根據《關于加強企業(yè)所得稅預繳工作的通知》（國稅函[2009]34號）第三條規(guī)定，全年企業(yè)所得稅預繳稅款占企業(yè)所得稅應繳稅款比例明顯偏低的（低于70%），稅務機關可以按規(guī)定調整預繳方法或預繳稅額。

4． 已申報但未預繳需繳納滯納金

企業(yè)按照規(guī)定進行預交企業(yè)所得稅納稅申報之后，沒有在月份或者季度終了之日起十五日內將稅款繳納入庫的，根據《關于企業(yè)未按期預繳所得稅加收滯納金問題的批復》(國稅函發(fā)[1995]593號)、《稅收征收管理法》第六十四條規(guī)定，除了限期繳納稅款之外，還需繳納滯納金。