編制按：為貫徹落實(shí)《國家稅務(wù)總局關(guān)于進(jìn)一步深化稅務(wù)系統(tǒng)“放管服”改革優(yōu)化稅收環(huán)境的若干意見》（稅總發(fā)〔2024〕101號）的精神，國家稅務(wù)總局2024年12月29日于制定了《貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人申請代開增值稅專用發(fā)票管理辦法》國家稅務(wù)總局（2024）55號公告，但是在實(shí)施4年多時(shí)間，貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人代開增值稅發(fā)票還是較為困難，行業(yè)增值稅抵扣鏈條依然不完善，阻礙了物流行業(yè)規(guī)范健康發(fā)展，有待進(jìn)一步優(yōu)化。

一、《貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人申請代開增值稅專用發(fā)票管理辦法》實(shí)施困難的原因：

1、代開條件規(guī)定不符合行業(yè)實(shí)際，納稅人申請代開困難。

《管理辦法》第二條　同時(shí)具備以下條件的增值稅納稅人（以下簡稱納稅人）適用本辦法：

（一）在中華人民共和國境內(nèi)（以下簡稱境內(nèi)）提供公路或內(nèi)河貨物運(yùn)輸服務(wù)，并辦理了工商登記和稅務(wù)登記。

（二）提供公路貨物運(yùn)輸服務(wù)的，取得《中華人民共和國道路運(yùn)輸經(jīng)營許可證》和《中華人民共和國道路運(yùn)輸證》；提供內(nèi)河貨物運(yùn)輸服務(wù)的，取得《中華人民共和國水路運(yùn)輸經(jīng)營許可證》和《中華人民共和國水路運(yùn)輸證》。

（三）在稅務(wù)登記地主管稅務(wù)機(jī)關(guān)（以下簡稱主管稅務(wù)機(jī)關(guān)）按增值稅小規(guī)模納稅人管理。

本辦法出臺背景是優(yōu)化貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人代開增值稅發(fā)票的便利性，解決物流行業(yè)增值稅抵扣鏈條不足問題，而貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人對象基本上為個(gè)體戶，但按照《道路運(yùn)輸條例》和《水路運(yùn)輸條例》規(guī)定，從事水路和道路運(yùn)輸經(jīng)營，需要具備公司主體，并建立安全管理制度，配備必要的管理人員，并具有一定的運(yùn)力規(guī)模，受制于交通運(yùn)輸法規(guī)限制，個(gè)人經(jīng)營車輛和船舶都是掛靠在運(yùn)輸公司或船務(wù)公司經(jīng)營，以被掛靠公司取得《營運(yùn)證》后，以個(gè)人名義對外經(jīng)營；個(gè)人經(jīng)營車輛或船舶成本費(fèi)用難以取得，財(cái)務(wù)無法納入被掛靠公司核算，掛靠經(jīng)營車輛和船舶都是個(gè)人經(jīng)營，對外收取運(yùn)費(fèi)，才需要按照小規(guī)模納稅人申請代開增值稅發(fā)票給托運(yùn)人結(jié)算運(yùn)費(fèi)。但是《管理辦法》第二條第二款規(guī)定，提供公路貨物運(yùn)輸服務(wù)的，取得《中華人民共和國道路運(yùn)輸經(jīng)營許可證》和《中華人民共和國道路運(yùn)輸證》；提供內(nèi)河貨物運(yùn)輸服務(wù)的，取得《中華人民共和國水路運(yùn)輸經(jīng)營許可證》和《中華人民共和國水路運(yùn)輸證》，小規(guī)模納稅人車輛和船舶都是登記在被掛靠公司，其《運(yùn)輸許可證》和《營運(yùn)證》單位都是被掛靠公司名稱，并不是小規(guī)模納稅人的名稱；到底《管理辦法》要求納稅人具備“兩證”還是納稅人提供的運(yùn)輸工具具備“兩證”？由于具備“兩證”沒有具體解釋，導(dǎo)致各地稅務(wù)局理解不一，小規(guī)模納稅人難以申請代開。另外，“兩證”的要求也是重復(fù)，按照交通運(yùn)輸相關(guān)條例，申請《營運(yùn)證》必須取得《運(yùn)輸許可證》，也就是有《營運(yùn)證》必定取得《運(yùn)輸許可證》，顯然要求取得“兩證”不符合行業(yè)實(shí)際。

2、實(shí)際承運(yùn)人代開票意愿不足，納稅意識不強(qiáng)

由于小規(guī)模納稅人開具3%增值稅發(fā)票（疫情期間1%），托運(yùn)人無法取得9%足額抵扣，不愿意接受小規(guī)模納稅人代開的增值稅發(fā)票，且小規(guī)模納稅人受制于“兩證”模糊的要求，也不一定可申請代開增值稅發(fā)票，寧愿與托運(yùn)人協(xié)商以不含稅價(jià)方式運(yùn)輸，導(dǎo)致長期以往掛靠經(jīng)營車輛、船舶形成實(shí)際承運(yùn)人不開票的行業(yè)習(xí)慣，實(shí)際承運(yùn)人代開增值稅發(fā)票意愿不足。托運(yùn)人無法取得增值稅抵扣，則通過掛靠物流企業(yè)開具9%增值稅發(fā)票抵扣稅款，物流企業(yè)無進(jìn)項(xiàng)全額納稅取得地方財(cái)政獎(jiǎng)補(bǔ)降低稅負(fù)，或購買未成品油發(fā)票虛抵稅款，導(dǎo)致行業(yè)亂象叢生。

3、小規(guī)模納稅人申請代開票便利性不足

由于車輛和船舶運(yùn)輸流動(dòng)性較強(qiáng)的特點(diǎn)，代開票代開環(huán)節(jié)不征收個(gè)人所得稅，個(gè)人司機(jī)和船東由于“兩證”規(guī)定的原因，不確定可否申請代開，且代開環(huán)節(jié)不征稅個(gè)人所得稅，年終自行匯算清繳，對于目前情況，這種行業(yè)的個(gè)人還未達(dá)到這種自行匯算清繳個(gè)稅的素質(zhì)要求，若通過物流平臺提供的運(yùn)輸，應(yīng)由平臺協(xié)助申請代開。雖然《管理辦法》第三條規(guī)定可由物流互聯(lián)網(wǎng)平臺主管稅務(wù)局申請代開，但實(shí)際執(zhí)行過程中，僅有部分平臺能夠理順“兩證”要求，可申請代開，可左可右的政策成為權(quán)力尋租空間。

總之，貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人代開增值稅發(fā)票困難問題，主要是《貨物運(yùn)輸業(yè)小規(guī)模納稅人申請代開增值稅專用發(fā)票管理辦法》相關(guān)規(guī)定要求的“兩證”是證明納稅人具備“兩證”還是提供運(yùn)輸服務(wù)的運(yùn)輸工具具備“兩證”各地稅務(wù)局理解不一，《運(yùn)輸許可證》和《營運(yùn)證》要求重復(fù)，互聯(lián)網(wǎng)物流平臺幫助船東申請代開增值稅發(fā)票不夠便利性，可否代開的不確定性，導(dǎo)致小規(guī)模納稅人代開票意愿不足，形成實(shí)際承運(yùn)人長期不開票的行業(yè)習(xí)慣，使物流行業(yè)亂象叢生。