1.清算對象確定難

根據稅法相關規(guī)定，土地增值稅清算分為必須清算和可以清算兩種情形。在土地增值稅清算管理實際工作中，由于涉稅信息不對稱，稅務機關并不能及時掌握納稅人需要進行土地增值稅清算的情形。同時，在項目分期開發(fā)的情況下，是按期數來確定清算對象，還是按建設工程規(guī)劃許可證等確定清算對象，其實并不規(guī)范和統(tǒng)一。此外，對于土地增值稅可以清算的情形，由于沒有事先進行稅收測算，而是單純根據銷售比例和預售期限來通知清算，造成目前土地增值稅清算結果退稅的多、補稅的少。

2.清算收入審核難

目前土地增值稅清算收入主要依賴于企業(yè)的土地增值稅清算申報數據，雖然收集了一些第三方數據，但主要依靠手工操作進行網簽合同、實測面積、銷售單價等的比對，土地增值稅清算工作量大，效率較低，工作效果也不佳。對房地產項目總可售面積、視同銷售、房地產開發(fā)產品類型、房地產價格區(qū)間等收入因素，缺少第三方信息自動驗證、比對，大大制約了大數據作用的發(fā)揮。

3.扣除項目核實難

當前困擾土地增值稅清算的最大難題是開發(fā)成本難以核實。開發(fā)成本項目多、業(yè)務多、票據多、時間跨度長，如果單靠人工審核，只能發(fā)現一些形式方面存在的問題，難以挖掘一些深層次的問題。一些與開發(fā)成本有關的內部數據和第三方信息，如土地出讓金及返還、政府規(guī)費、工程費竣工結算備案信息、發(fā)票、稅金等，只能以人工方式收集和整合，很難以迅速形成鏈條。

4.清算結果產生難

土地增值稅清算被稱為“第一難”的稅務工作，一項清算工作往往歷時數月甚至一年。同時，由于土地增值稅清算人員業(yè)務水平和業(yè)務習慣等不同，產生的清算結果基本不同，容易與納稅人發(fā)生爭議。土地增值稅的申報表、審核表的數據不能自動計算，人工計算量大，容易發(fā)生差錯。清算審核發(fā)現的疑點和問題需要手工匯總和處理，清算報告和清算結果需要手工錄入。這些因素極大地影響了土地增值稅清算的效率和效果。